ذكر القرآن الكريم بعض آياته الحكيمة التي تتحدث عن العقل واستعماله في القرآن وتدبره، لقوله تعالى {والرسخون في العلم يقولون آمنا به كل من عند ربنا وما يذكروا إلا أولو الألباب} سورة آل عمران .والمقصود هنا أصحاب العقول الراقية اهل الفكر والتدبر والتفكر في ملكوت السماوات والأرض، كما يطلق اللب في اللغة العربية عند العرب بالعقل المحض او الخالص من الأمور التافهة أو بصفة عامة الشوائب، ويسمى بالعقل الفاطن الذكي، إنه العقل المدرك للأشياء وصاحب هذا العقل يبعده عن السوء ويقربه من الفهم العميق للحياة والحكمة. واستعمل أيضا في مسألة النهي لأنه يميز بين الخبيث والطيب، بين القبيح والجميل العقل الذي يميز بين النور و الظلمات. لقوله تعالى {إن في ذلك لآيات لأولي النهى} سورة طه الاية 54. وبالتالي فإن العقل يحث على استعمال النظر العقلي للموجودات والنظر في آيات الرحمان وسننه وقوانينه الكونية. واستخدم القرآن - الفؤاد لقوله تعالى: {إن السمع والبصر والفؤاد كل أؤلئك كان عنه مسئولا} صدق الله العظيم سورة الإسراء. والفؤاد قوة مدركة، وقد استعملت مجموعة من المفاهيم في القرآن كالتذكر، والعقل، والتفكر، والتدبر بمعان مختلفة لقوله تعالى {إن في ذلك لآية لقوم يتفكرون} سورة الأعراف. وفي التدبر { أفلا يتدبرون القرآن ام على قلويهم أقفالها} وفي التذكر لقوله تعالى {إنما يتذكر اولو الألباب} سورة آل عمران. وهذه المفاهيم تحث الإنسان على إستعمال القوة العقلية التي وهبها الله إليه من أجل التأمل والوصول إلى درجة الإحسان والإخلاص في العبادة. والعقل له أهمية كبيرة في القرآن الكريم ولا يذكر في آيات الله إلا للتنبيه أو التعظيم والعمل به وجوبا، وهو مرجعية المسلم المؤمن في التمييز بين الخطأ و الصواب والنهي عن المنكر، واستعمل العقل في القرآن حسب وضعيات مختلفة وطبيعة الموضوع إن كان يتحدث عن التفكر أو التدبر أو إلى ما غير ذلك، لكن حينما يفسد العقل يهلك صاحبه ويلقي به في التهلكة والظلال حتى في مسألة الشك النابع من العقل خاطب القرآن الكريم الإنسان، لقوله تعالى { أفي الله شك فاطر السموات و الأرض} صدق الله العظيم سورة إبراهيم . والشك قد يصبح مرض يصيب صاحبه. ويصيب قلبه بالأذى والضرر النفسي، نتيجة استعمال العقل بطريقة غير متوازنة. وتأسيسا على ماذكرنه سالفا نرى أن آيات الله عزوجل في القرآن والنصوص الدينية الثابتة، تحث وتؤكد للإنسان على إستخدام العقل في شؤونه الدينية والدنيوية، ومما لا شك فيه أن العقل يرفع صاحبه درجات ويرفع من شأنه، لأن العقل الذي يتدبر يوصل بك إلى الله سبحانه وتعالى وإلى وحدانيته، فالعقل مصباح ينير طريق الإنسان كما يخاطب الله سبحانه وتعالى الإنسان في عدم استعماله لقوله تعالى {إن شر الدواب عند الله الصم البكم الذين لا يعقلون} صدق الله العظيم. والأصل في الإنسان هو العقل والتعقل، في هذه الآية الكريمة يخاطب الله الإنسان الذي لا يميز بين الحق والباطل والحسن والقبيح، هنا يصبح الإنسان كالدواب والأنعام لأنه لم يعرف ويفقه كرم الله لأن الله كرم ابن آدم بالعقل.